Les outils de la Bio-informatique au service d'un projet de reche...

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Mardi, 2 juillet, 2019 - 08:45
Centre de formation Forem Biotechnologie

CHU, tour GIGA, Bâtiment B34, 2ème étage
Avenue de l’Hôpital,
4000 LIEGE (Sart-Tilman, Ulg)

Lundi, 16 septembre, 2019 - 08:45 - Jeudi, 31 octobre, 2019 - 17:00
Centre de formation Forem Biotechnologie

CHU, tour GIGA, Bâtiment B34, 4ème étage
Avenue de l’Hôpital,
4000 LIEGE (Sart-Tilman, Ulg)

  • Public cible

    Demandeurs d'emploi
    Entreprises et travailleurs

    Etre en possession d’un titre de master en biologie des organismes et écologie, en biochimie, pharmacie, biologie cellulaire et moléculaire, sciences biomédicales ou posséder un diplôme de (bio)ingénieur agronome ou de vétérinaire, un doctorat - Avoir de bonnes connaissances de base (niveau humanités) de la langue anglaise

  • Type

    Courte

  • Durée et horaires

    Durée : 30 jours selon les modalités suivantes : 

    Module de base

    • Session 1 : 15 jours de formation (8h45-17h) de septembre à novembre 2019 (les lundis, mercredis et vendredis).
    • Session 2 : 15 jours de formation (8h45-17h) d'octobre à décembre 2019 (les lundis, mercredis et vendredis).

    Module avancé 

    • 15 jours de formation (8h45-17h) de janvier à mars 2020 (les lundis, mercredis et vendredis). Ce module n'est accessible qu'après réussite du Module de base.
  • Prix

    Badge formation gratuite
  • Contact et inscription

    Call center

    0800/93.947

    Service Clientèle

    Tél. : 04/225 57 10
    E-mail : serviceclientele.liege@forem.be

     

Description

Cette formation intensive vise l’acquisition de compétences de base en programmation appliquée à la biologie, ainsi qu’une maîtrise pratique des principaux outils bioinformatiques, dont ceux conçus pour le traitement des données à haut débit (microarrays, Next-Generation Sequencing).

Elle se compose de deux modules (de base et avancé) d’une durée de 15 jours chacun, le module avancé n’étant accessible qu’aux stagiaires ayant réussi le module de base.

Au terme de cette formation, vos nouvelles compétences vous permettront d’exercer comme bioinformaticien ‘junior’ au sein d’instituts de recherche ou de poursuivre, convenablement outillés, une thèse de doctorat dans le secteur des Sciences de la Vie.

La formation sera axée sur la pratique, chaque stagiaire étant équipé d’un ordinateur portable sous Bio-Linux 8. Les formateurs proposeront en particulier des pas-à-pas à suivre individuellement. Ces séances seront régulièrement interrompues pour aborder succinctement en groupe complet les points plus théoriques. Des exercices dirigés et des travaux à domicile compléteront le dispositif d’apprentissage en vue d’ancrer la matière vue. La progression de chacun sera assurée par des approches différenciées.

Code 6238INBTBIBW

Module de base

  • Introduction, présentation des objectifs et remise à niveau des candidats
  • Rappels de statistiques, remise à niveau en matière de statistique de base :
    • Statistiques descriptives : fréquence, moyenne, écart-type, médiane, erreur type, les graphiques
    • Calcul de probabilité
    • Notion de distribution : distribution normale et binomiale
    • Les tests d’hypothèses : test d’1 et 2 moyennes, test d’1 ou 2 variances
    • L’ANOVA à 1 facteur
    • La régression simple
    • Les notions seront appliquées sur des exercices « papier » ou en utilisant le logiciel JMP.
  • Introduction à Linux et à la ligne de commande – Découvrir UNIX au travers d’un Linux conçu pour les biologistes
  • Installation, configuration et prise en main de Bio-Linux 8 (1 séance)
  • Introduction à la ligne de commande (2 séances)
    • Apprivoiser le Terminal
    • Utilisation des commandes usuelles (navigation dans l’arborescence, manipulation des fichiers et des répertoires, lecture et édition de fichiers…)
  • Du one-liner au programme (2 séances)
    • Introduction à la gestion des permissions, des processus
    • Création de programmes ‘scripts’
  • Modern Perl – Concepts de base
  • S’initier à la programmation en étudiant des programmes simples mais utiles
  • Apprendre à tirer parti des modules et de l’expressivité du langage Perl
    • Variables (scalaires, tableaux indicés, tables de hachage) (1 séance)
    • Valeurs, opérateurs, expressions et structures de contrôle (2 séances)
    • Gestion des entrées/sorties et best of des modules CPAN (1 séance)
    • Expressions régulières et one-liners (1 séance)
  • R – Introduction à l’analyse de donnéese
  • Découvrir R en révisant les statistiques univariées de base
  • Aborder l’utilisation de R par l’exploration et la manipulation de jeux de données
    • Environnement et session sous R-Studio, objets et opérateurs de base (1 séance)
    • Objets adaptés aux jeux de données, fonctions, import/export (1 séance)
    • Packages, conditions, boucles, graphiques, statistique descriptive (1 séance)
  • Applications bioinformatiques – Premiers contacts
  • S’initier à l’analyse de données de séquençage à haut-débit (Illumina, 454)
    • Environnement et session sous RStudio, objets et opérateurs de base (1 séance)
    • Métagénétique 16S (1 séance)
    • Assemblage de novo de génomes bactériens (2 séances)

Fréquence :

2 cycles de base en 2018 et 1 cycle avancé début 2019

Mode d’organisation :

  • Cours collectifs (12 participants maximum).
  • Recherche en autoformation sous tutorat.
  • La formation sera axée sur la pratique, chaque stagiaire étant équipé d’un ordinateur portable sous Bio-Linux 7. Les formateurs proposerons des tutoriels à suivre individuellement. Ces séances seront régulièrement interrompues pour aborder succintement en groupe complet les points plus théoriques. Des exercices à réaliser en séance ou à domicile seront également proposés pour fixer la matière vue. La progression de chacun sera assurée par des approches différenciées.

Avantages du stagiaire pendant la formation :

  • Contrat de formation professionnelle ;
  • Maintien des droits sociaux (chômage, revenu d’intégration,…) sous certaines conditions ;
  • Prime de formation d’1€ brut par heure prestée sous certaines conditions ;
  • Remboursement des frais de déplacement au tarif des transports en commun ;
  • Intervention dans les frais éventuels de crèche et de garderie ;
  • Fourniture et entretien des équipements de protection individuelle ;
  • Aide à l’insertion professionnelle.

Document délivré en fin de formation :

Attestation de compétence (l’ensemble du processus est certifié ISO 9001)

Opérateur de formation :

Le Forem – Centre de Formation en Biotechnologie en collaboration avec l’Université de Liège